长时间养殖会使养殖水体底部积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体(氨、硫化氢等)，这些物质往往导致水质败坏，使水产动物受到毒害。研究发现，养殖水体中的某些有益微生物的代谢具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能将上述有机物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等。这样既能在不中断养殖过程中及时有效地清除有害物质、净化水质，又能为单细胞藻类的繁殖提供营养物质，促进藻类繁殖。这些藻类的光合作用，又为池内养殖动物的呼吸、有机物的分解提供氧气，从而形成一个良性的生态循环，有利于水产养殖动物的生长。同时由于这些有益微生物的大量繁殖，在池内形成优势种群，可抑制病原微生物的繁殖，减少病害发生。
枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，净化水质。沈锦玉(2006)在水体使用枯草芽孢杆菌B115制剂后，对养殖水体的溶氧和pH无明显影响，但对氨氮、亚硝酸盐和硫化物均有大幅度降低。尹文林(2006)在蟹池和鱼池中分别加入枯草芽孢杆菌作为水质改良剂发现，其对池塘氨氮、亚硝酸盐氮和硫化物有明显的降解作用，最大降解峰值出现在3-4 d，有效时间持续超过7 d。汤宝贵等(2007)研究也表明，枯草芽孢杆菌能明显净化水质，降低虾池中的COD、亚硝酸氮和氨氮。试验表明，只有当枯草芽孢杆菌B115浓度超过1 000mg/kg时，可能因为菌体耗氧及培养基在水体中的氧化作用导致鱼缺氧而死。因此，作为水质改良剂可视水质情况每7 d泼洒全池1次，使用后及时开增氧机，以保证达到**的使用效果。
5. 枯草芽孢杆菌的使用方法
枯草芽孢杆菌在水产养殖中有两种使用方法，一种是净水用，另一种是内服，即添加到饲料中给水产动物食用。枯草芽孢杆菌添加到饲料里给鱼喂养，可以改善鱼的肠胃功能，提高饲料的利润率，改善肉质，促进长生，防病效果很好。鱼类可以增长10%左右,一般一个星期就能见效果，添加的比例不宜过多,300-500g/t左右就可以了,最高不宜超过0.1-0.2%。将枯草芽孢杆菌与饲料均匀均匀搅拌即可投喂。饲料厂可造粒。
枯草芽孢杆菌净化水质，高密度养殖情况下，每亩一米深水的塘，按200-400克来添加，根据水质的情况及水深多少使用，可多可少，**在上午9-11点左右有点太阳时开始使用，水温在25度以上为宜，水温太低的话，效果不怎么好。建议不低于15度水温使用。枯草芽孢杆菌是耗氧菌，使用时需要增氧，开打氧机或洒增氧剂都可以，淡水养殖如果没有增氧设备，添加量要求减少，可在100g/亩左右。使用前**活化一下，具体是：枯草芽孢杆菌：红糖：水按1：0.5：20左右的比例浸泡2小时以上后使用，浸泡过程如能打氧效果更佳。塘底淤泥较多的塘可以加量使用。再次强调，使用时一定要增氧，否则可能会出现水产动物因为缺氧死掉，一般7-10左右可以使用一次。高密度养殖的可以加量使用。