长时间养殖会使养殖水体底部积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体(氨、硫化氢等),这些物质往往导致水质败坏,使水产动物受到毒害。研究发现,养殖水体中的某些有益微生物的代谢具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用,能将上述有机物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等。这样既能在不中断养殖过程中及时有效地清除有害物质、净化水质,又能为单细胞藻类的繁殖提供营养物质,促进藻类繁殖。这些藻类的光合作用,又为池内养殖动物的呼吸、有机物的分解提供氧气,从而形成一个良性的生态循环,有利于水产养殖动物的生长。同时由于这些有益微生物的大量繁殖,在池内形成优势种群,可抑制病原微生物的繁殖,减少病害发生。